IE8 の javascript が遅いことを実証するサンプルです。 他のブラウザと動作を比較してみてください。
この問題は、タグのスタイル変更を className プロパティを使用することによって発生します。
この問題を回避するには style プロパティを使用します。たとえば、
obj.className = "スタイルシートで定義した名前";
↓
obj.style.background = "#fff";
のように変更します。

以下、サンプルです。
数字を押すとテーブルを表示します。 テーブルの上でマウスカーソルを動かしてみてください。